ステップバイステップガイド: HPCでSingularityを使用してGromacs-GPUを構成する方法 (高速シミュレーションのために)

事前インストールされたSingularityでGromacsをスムーズに実行

Step-by-Step Guide: How to Configure Gromacs-GPU on HPC Using Singularity for Faster Simulations

Singularityが事前にインストールされたサーバーでGromacsの力を活用することで、ルートアクセスなしにスムーズな利便性を享受できます。ただし、Singularityの使用は簡単ですが、初期インストールプロセスには管理者権限が必要であることに注意してください——このガイドではその詳細について説明しません。

便利なコマンド一覧: • コンテナのビルド: `singularity build [Name] docker://[Image]` • インタラクティブセッションの起動: `singularity shell --nv [Path]` • GMXRCの場所の確認: `find / -name GMXRC` • Gromacsパスの設定: `export GROMACS=/usr/local/gromacs/bin.SSE2/gmx_mpi` • インストールの確認: `$GROMACS --version`

探索すべき便利なリソース: • Singularityドキュメント: docs.sylabs.io/guides/3.5/user-guide/ • 公式Gromacs Dockerイメージ: hub.docker.com/r/gromacs/gromacs • ミニタンパク質リポジトリ: github.com/hunter-heidenreich/mini-proteins/