Exécuter Gromacs avec Singularity préinstallé sans effort
Exploiter le pouvoir de Gromacs sur un serveur avec Singularity préinstallé offre une commodité fluide sans nécessiter l'accès root. Notez que bien que l'utilisation de Singularity soit simple, le processus d'installation initiale nécessite des privilèges administratifs - un sujet que nous ne couvrirons pas dans ce guide.
Commandes essentielles à portée de main : • Construire votre conteneur : `singularity build [Nom] docker://[Image]` • Lancer une session interactive : `singularity shell --nv [Chemin]` • Localiser GMXRC : `find / -name GMXRC` • Configurer le chemin de Gromacs : `export GROMACS=/usr/local/gromacs/bin.SSE2/gmx_mpi` • Vérifier l'installation : `$GROMACS --version`
Ressources utiles à explorer : • Documentation Singularity : docs.sylabs.io/guides/3.5/user-guide/ • Images Docker officielles de Gromacs : hub.docker.com/r/gromacs/gromacs • Dépôt de mini-protéines : github.com/hunter-heidenreich/mini-proteins/
Nicole Hall 
Eli Cruz 
Audrey Ramos
Je n’avais jamais pensé à utiliser Singularity avec Gromacs pour des simulations plus rapides sur un serveur HPC. C’est génial que ça fonctionne sans root, ça pourrait vraiment simplifier mon workflow. J’ai juste une petite question : est-ce que tu as testé cette méthode avec des GPUs spécifiques comme les NVIDIA A100 ?
Bonjour ! Merci pour ton intérêt et ta question. Oui, j’ai testé cette méthode avec des GPUs NVIDIA A100, et elle fonctionne très bien. La compatibilité Singularity/GROMACS est généralement excellente sur ces architectures, ce qui permet d’optimiser les performances sans effort. N’hésite pas à partager tes retours si tu l’essaies ! 😊