Schritt-für-Schritt-Anleitung: Wie man Gromacs-GPU für schnellere Simulationen auf einem HPC mit Singularity konfiguriert

Problemlos Gromacs mit vorinstalliertem Singularity ausführen

Schritt-für-Schritt-Anleitung: Wie man Gromacs-GPU auf einem HPC-System mit Singularity für schnellere Simulationen konfiguriert

Die Nutzung der Leistung von Gromacs auf einem Server mit vorinstalliertem Singularity bietet nahtlose Bequemlichkeit ohne Root-Zugriff. Beachten Sie, dass das Verwenden von Singularity einfach ist, jedoch der Initialisierungsprozess administrative Rechte erfordert – ein Thema, das wir in dieser Anleitung nicht behandeln werden.

Nützliche Befehle zur Hand: • Container erstellen: `singularity build [Name] docker://[Image]` • Interaktiven Sitzung starten: `singularity shell --nv [Path]` • GMXRC-Datei finden: `find / -name GMXRC` • Gromacs-Pfad konfigurieren: `export GROMACS=/usr/local/gromacs/bin.SSE2/gmx_mpi` • Installation überprüfen: `$GROMACS --version`

Nützliche Ressourcen zum Erkunden: • Singularity-Dokumentation: docs.sylabs.io/guides/3.5/user-guide/ • Offizielle Gromacs-Docker-Bilder: hub.docker.com/r/gromacs/gromacs • Mini-Proteine-Repository: github.com/hunter-heidenreich/mini-proteins/